秘鲁总督辖区(西班牙语：Virreinato del Perú)，是1542年至1824年西班牙在美洲的四个总督辖区之一。领土包括今天的秘鲁、智利、哥伦比亚、巴拿马、厄瓜多尔、玻利维亚、巴拉圭、乌拉圭、阿根廷、圭亚那和委内瑞拉等国家。
1533年，西班牙征服秘鲁，于1542年成立秘鲁总督辖区，首府利马，统治西属南美洲。1718年从秘鲁总督辖区中划出新格拉纳达总督辖区，首府波哥大;1776年又划出拉普拉塔总督辖区，首府布宜诺斯艾利斯。
1816年，拉普拉塔联合省(今阿根廷)宣告独立。1820年，联合省军队在其领袖圣马丁率领下，出征秘鲁，解放沿海地区。次年，在秘鲁人民配合下，攻入利马，秘鲁共和国成立。1824年，最后击败西班牙殖民者，玻利维亚共和国独立。
