新疆自古就是我国领土神圣不可分割一部分，清朝时期的新疆叛乱规模比较大，多亏了左宗棠雷霆手段才得以平息。
清初，我国西北地区的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古(明代称鞑靼)和漠西厄鲁特蒙古(明代称瓦剌)三大部。漠北喀尔喀蒙古内部分为扎萨克图、士谢图、车臣三部;漠西厄鲁特蒙古内部分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、士尔扈特四部。漠南蒙古又称内蒙古，早在满族入关前，漠南蒙古各部早在皇太极时期已经归附清廷，建有蒙古八旗，王公贵州也接受清朝赐给的亲王、郡王、贝勒、贝子等封爵称号，并保持世代联姻关系，成为满清统治者最得力的助手。喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部，也与清廷关系密切。如喀尔喀三部，从崇德三年(1638年)起，每年向清廷献白驼一、白马八，谓“九白之贡”。
噶尔丹叛乱。厄鲁特蒙古的准噶尔部(蒙语左冀)，带有浓厚的氏族制残余，经常动掠、奴役他部，从十七世纪中叶以后逐渐强盛起来。康熙初年，噶尔丹自立为汗，相继吞并厄鲁特诸部，征服南疆回部，势力达到青海、西藏地区，拥有60多万户人口。为实现割据野心，他还与沙俄侵略者勾结，夹击位于贝加尔湖以东地区的喀尔喀蒙古。随后，又以追击喀尔喀蒙古为名，率骑兵数万，进攻内蒙古，并扬言要攻打北京，气焰嚣张。
康熙帝命噶尔丹退兵归还喀尔喀故地，但噶尔丹有俄罗斯的支持下，有恃无恐，继续东进。康熙二十九年(1690年)，噶尔丹前锋抵达距北京九百余里的内蒙古乌珠穆沁部，清廷大为震动。清军初战失利，噶尔丹乘机深入到离京城仅七百余里的乌兰布通(今克什克腾旗境内)。康熙帝亲至博洛和屯(河北隆化县境内)视师。双方激战，清军以火炮击溃叛军用骆驼组成的“驼城”。噶尔丹一面派喇嘛求和，一面向漠北狂奔，还者仅千余人。
三十五年(1696年)，清军分三路出兵，康熙帝亲率中路出征，手绘阵图，指示方略。噶尔丹为避免被前后夹击，连夜拔营逃跑。西路军于昭莫多与叛军相遇，将其大部歼灭。三十六年二月，康熙帝又率军渡河至宁夏，擒获噶尔丹之子，噶尔丹走投无路，一夕数惊，仰药自杀。
策妄阿拉布坦叛乱。噶尔丹死后不久，其侄策妄阿拉布坦继立，得到阿尔泰以西的辽阔地区放牧。势力强大后，他纠集准噶尔部继续与清为敌，不仅控制了天山南路、北路地区，并于康熙五十五年(1716年)进兵西藏，次年围攻拉萨，杀害拉藏汗，大肆抢掠，囚禁达赖喇嘛伊西坚错，使西藏陷入混乱。清政府派初次派兵前往镇压失败，后又于五十九再次派兵，分两路入藏，护送噶桑嘉错入藏坐床，敕封达赖六世。在西藏人民的帮助下，迅速驱逐叛军，使西藏局势稳定下来。
阿睦尔撒纳叛乱。准噶尔部长期与清廷为敌，并勾结俄罗斯煽动西北各地反清，成为清廷完成全国统一的关键。乾隆时，准噶尔在喀尔喀、西藏、青海等地势力已被清廷基本肃清。策妄阿拉布坦死后，其子噶尔丹策零继立。乾隆十年(1745年)噶尔丹策零死，准噶尔部又发生了长期内乱。十八年，准部贵族达瓦齐在辉特部贵族台吉阿睦尔撒纳(策妄阿拉布坦外甥)的协助下夺取了统治权。后两人发生冲突，阿睦尔撒纳降清，受封为亲王。二十年，清军分两路向伊犁进军，达瓦齐迅速败亡。不久，阿睦尔撒纳野心膨胀，要清廷允许他一人独领四部，遭清廷反对后，于二十一年在伊犁发动叛乱。清军再度攻打伊犁，阿睦尔撒纳迅速溃败，叛逃俄境。清军缴获的阿睦尔撒纳银经匣中藏有俄边防当局勾引他加入俄国国籍的密信，表明了准噶尔部贵族始终勾结俄罗斯叛乱的性质。由于与沙俄早有勾结，直到病死，沙俄才把他的尸体交还清政府。
回部大小和卓木叛乱。当清朝平定准噶尔封建主叛乱时，原来被俘虏的维族各城首领大小和卓(突厥语穆罕默德后裔的意思)博罗尼与霍集占，乘机逃回老家，恢复了权力。乾隆二十二年(1757年)，他们纠集维族上层发动暴乱，一时各部从者数十万。由于他们在各地“虐用其民，厚敛淫刑”，逐渐失掉当地人民的支持，士卒日益离散。次年，清政府派兵前往镇压，并得到维族人民的大力支持，很快平定叛乱。大小和卓狼狈逃至巴达克山，被当地首领擒杀，并把尸首还给清朝。平定天山南路后，清政府在喀什噶尔等地设参赞大臣、办事大臣，率兵驻守，皆统属于伊犁将军，结束了加部分裂的局面，重新统一新疆。
张格尔叛乱。当大和卓博罗尼都丧命后，其子萨木克及家属逃亡浩罕。嘉庆二十五年(1820年)，萨木克次子张格尔在英国侵略者的支持下，潜入喀什噶尔，煽动维族上层发动叛乱。道光六年(1826年)，张格尔叛军占领了天山南路的喀什噶尔、英吉沙尔等城，英国侵略者也随之而入。张格尔占领天山南路后，到处奸淫妇女，抢掠财物，引起各族人民的坚持反对。清政府派杨遇春等前去镇压，九战九捷，收复喀什噶尔等地。次年，清军追至喀尔铁盖山生擒张格尔，送至北京处死，叛乱被镇压下去。
由此看来，清代新疆的蒙古人、维族人叛乱，都是家族作业。不斩草除根的话，很难清除干净，后患无穷。
